召集人
核心成员
- 凯蒂·巴克
- 约翰甲板
- 加比山姆
- 克里斯猎人
- 克里斯·迈耶
- 雷蒙娜墙
- 托马斯Stjernegaard Jeppesen
- 德米特里•Schigel
- 玛丽被关闭的
- 林恩Schriml
- 马克西姆Sweetlove
- Raissa迈耶
- 迈克尔希望
- Saara Suominen
- Pieter Provoost
- 沃德Appeltans
动机和范围
生物多样性基因组学是一个快速发展的研究领域，它描述了从基础DNA层到生物体和生态系统、系统发育和功能的所有维度的生物变异。在这种工作中收集的许多数据目前没有统一的词汇执行、标准表示或用于在公共领域传播和整合的执行。该小组关注基因组和宏基因组样本的元数据，而不是实际序列数据的管理。它还促进了对用例的讨论，形成任务组来产生具体的交付成果，并向更广泛的基因组数据管理人员社区交流生物多样性基因组学技术、词汇和标准方面的相关进展。
任何与基因组数据相关的TDWG工作组和任务小组都将归入这个新成立的兴趣小组，以及来自基因组学标准联盟(GSC)的生物多样性相关任务和兴趣小组。
任务组
目标、产出和结果
目标
- 识别和填补分享基因组数据标准的差距，并且用于导出它们的材料样本。
- 协调其他工作组和标准，如全球基因组生物多样性网络(GGBN)数据标准工作组和GGBN数据标准;任意(x)序列的GSC和最小信息(MIxS);国际生物和环境储存库学会和样本分析前代码学会;提高研究质量的生物标本报告(BRISQ)。
- 创建一个任务组，用于背景化和处理工作流程以及环境DNA样本的数据标准
- 创建一个高通量下一代测序文库样本任务组，以提出像GGBN数据标准这样的数据标准
结果和成果
- 基因组数据使用定义、评审和批准的标准、更新的标准数据词典、出版的白皮书的其他空白。
- 减少了基因组标准工作组和相关标准的冗余，提高了解决社区需求和填补空白的效率。
战略
该兴趣小组将与其他数据聚合器和社区合作，以确定发布基因组集合数据的管道、最佳实践和词汇表中的差距，并提供基因组集合数据管理的用例。
已知的空白和用例列表可以在GGBN wiki用例集合中找到:https://wiki.ggbn.org/ggbn/Use_Case_Collection
成为参与
本小组欢迎具有信息学、生物多样性、分子收集、遗传学、技术架构或分类学背景的有兴趣的团体参与。我们建议这个小组的组织点是TDWG网站。欲成为会员者，请参阅召集人之电邮。
纳入这一群体的好处是了解、影响和促进与基因组生物多样性收集、数据和研究有关的新技术和标准。成员们将为生物学家和信息学家探索新的研究途径，并获得与全球不同参与者直接合作的机会。
请订阅我们的打开邮件列表了解即将召开的会议和新闻。我们将张贴工作活动在问题领域Github。
资源
相关文章:
甲板上,等。(2013)生物多样性信息学的概念和术语，基因组科学的标准。https://doi.org/10.4056/sigs.3907833
山姆,G。,巴克,K Seberg, O,科丁顿,J。,本森,E, Berendsohn,张磊,银行业铺位,B。,巴特勒,C, Cawsey,定位,甲板,J。,多尔,M, Flemons, P, Gemeinholzer, B。,Guntsch, A。,Hollowell, T, Kelbert, P, Kostadinov我。,Kottmann, R, Lawlor R.T,莱亚,C, Mackenzie-Dodds, J。,梅耶,C,玛尔卡茜,D, Nussbeck S.Y, O Tuama E。张勇，周晓明，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇，张勇。(2016):全球基因组多样性网络(GGBN)数据标准规范。数据库。baw125。DOI: -10.1093/database/baw125 Pdf OpenAccess
Droege, G.， Barker, K.， Astrin, J.， Partels, P.， Butler, C.， Cantrill, D.， Coddington, J.， Forest, F.， Gemeinholzer, B.， Hobern, D.， mackenzi - dodds, J.， Ó Tuama， É。， peterson, G.， Sanjur, O.， Schindel, D.， Seberg, O.。(2014):全球基因组生物多样性网络(GGBN)数据门户。核酸研究。42 (D1): D607-D612。DOI: 10.1093 / nar / gkt928。Pdf OpenAccess
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历史和上下文
GGBN
2011年10月，来自非洲、澳大利亚、欧洲、北美洲、中美洲和南美洲13个组织的32名代表在华盛顿特区召开了为期两天的研讨会。这次研讨会为建立生物多样性生物库的国际协调机制制定了初步计划。与会者同意建立一个全球网络，鼓励制定和使用最佳做法、共同标准和全球可及性。2011年10月至2014年6月，举行了一系列执行委员会临时会议，并成立了三个工作组，以制定和实施战略计划和工作方案。全球基因组生物多样性网络(GGBN)由此形成。专责小组的工作包括:
- 基因组样本的数据标准与数据获取
- 与基因组样本管理相关的政策和实践;
- 营销和外展(以下简称沟通和外展)。
基因组样本的数据标准和数据存取工作小组
GGBN数据标准工作组是为了规范分子集合的数据和相关基础设施而制定。DWC和ABCD都缺乏分子数据的术语。因此，在2007年GGBN中，作为前体项目DNA银行网络的一部分，开始为伴随自然历史和文化收集的生物多样性DNA Biobanks开发标准。结果是ABCDDNA的DNA延伸。在2012年和2015年期间，GGBN已经开展了ABCDDNA的主要修订，并包括与分子数据或组织数据相关的其他现有标准。结果是包含所有混合物的GGBN数据标准，也可以处理BRISQ的SPREC和大部分。从这一点，GGBN数据门户于2015年开发，以便提供对研究基因组样本的标准化访问。我们认识到分子收集的标准化是一个持续的过程。因此，本集团将在分子收集数据基础设施中评估和解决差距，以简化管道进行研究。
基因组生物多样性工作组
基因组生物多样性工作组自2012年起作为TDWG和基因组学标准联盟(GSC)下的一个利益集团运作，其目的是促进生物多样性和基因组学社区之间的讨论，促进基于标准的词汇和本体开发的周到互动。
概括
生物多样性基因组学兴趣小组致力于所有生物多样性基因组学数据的标准化数据和相关基础设施，包括条形码、元条形码、下一代测序、环境DNA和分子生物多样性收集(如自然历史收集、植物园、文化收集、动物园等)。该兴趣小组将与其他数据聚合器和社区合作，努力确定发布分子集合数据的管道和最佳实践中的差距，并提供分子集合数据管理的用例。该TDWG利益小组包括GGBN数据标准工作组，该工作组确保在开发分子研究数据发布管道时考虑到与生物样本库管理相关的信息。这不仅包括数据和相关数据基础设施的标准化，还包括物理分子集合的管理，包括法律事务。这个TDWG兴趣小组与GSC合规与互操作性小组(CIG)紧密合作，并且成员重叠。