洪堡的核心

召集人

西卡亚尼娜yanina.sica@yale.edu.-生活地图，耶鲁大学

核心成员

动机

物种清查是例行工作，对于描述生物多样性及其变化具有特殊价值。然而，缺乏允许这些清单重复使用、相互比较以及与其他生物多样性数据来源进一步整合的报告标准，阻碍了它们的广泛应用。达尔文核心标准目前允许共享一些与库存相关的信息，如术语samplingProtocol、sampleSizeValue、sampleSizeUnit、samplingEffort。然而，它在表达范围(空间、时间、分类和环境)的详细报告以及库存抽样过程的一套普遍测量方面(例如，抽样工作的直接或推断测量)方面的能力仍然有限。这些限制可以通过洪堡核心的形式化来克服，洪堡核心是专门用于处理这类数据的框架(Guralnick等人，2018)，目前已在生命地图(Map of Life) (https://mol.org/humboldtcore/). 虽然最初计划作为TDWG标准，但直到现在才寻求批准。在整个社区范围内更广泛的实施受到了阻碍，因为需要对如何将其条款与现有标准和实施模式进行最佳整合进行必要的审查。TDWG内制定此类标准的自然空间是观察和样本兴趣小组。虽然该小组的目的是“探索生物多样性数据描述、整合和转移的概念和方法，将标本和观测数据充分整合到现有的数据交换模式中”，但他们尚未处理清单数据，这些数据构成了事件、事件和分类单元“清单”的有趣组合。该工作组的目的是使清单数据能够共享、重复使用、相互比较，并进一步与生物多样性数据的其他来源相结合，以显著扩展生物多样性数据集的发现、互操作性和建模。为实现《生物多样性公约》的目标（Schmeller等人，2015年），这些活动已被明确要求开展，并承诺降低报告负担，同时确保明确的沟通和提高再利用价值。

目标、产出和成果

我们的主要目标是使生物多样性清单数据共享成为TDWG标准语料库的一部分。主要可交付成果的形式如下：

1. 达尔文核心的一个或多个词汇增强（扩展）或
2. 生物多样性清单数据共享的新标准。

请参阅策略部分进行澄清。

主要交付物将附有:

• 术语的正式定义遵循达尔文核心格式，改编自Guralnick等人（2018）提供的原始定义。没有依赖关系。
• Humboldt Core标准/扩展的快速参考指南，遵循达尔文核心快速参考指南模型。取决于所创建的术语定义。
• 对于Darwin核心扩展，遵循GBIF Darwin核心扩展模式的扩展的XML文档(http://rs.gbif.org/schema/extension.xsd）.取决于所创建的术语定义。
• 在Darwin Core扩展的情况下，通过Darwin Core Archives发表至少7个不同的真实世界案例研究数据集，以涵盖在Guralnick等人(2018)中确定的库存类型的范围。取决于所创建的扩展XML文档。
• 在新标准的情况下，关于如何按照达尔文核心文本、XML和RDF指南的模型在各种相关格式的文档中编码生物多样性清单的文档。第3页共2页

在积极建议改变的情况下，无法预测标准开发过程的某些部分的持续时间，例如公众评论。然而，任务组的几个核心成员有一些致力于这项工作的时间。考虑到这些考虑，期望是向公众评论或审核经理（根据确定适当的标准路径），准备好输出，到4月2021日。

战略

第一个任务将是确定Guralnick等人(2018)提出的生物多样性清单概念的完整语库是否可以在达尔文核心档案中共享所有类型的清单，方法是对目前缺失的任何概念进行扩展。这个练习的输出要么是需要一个新标准的决定，要么是要使用的Darwin Core模型的具体草案(哪个行类型或Core类，例如，Event)，以及丰富核心类型所需的扩展的枚举。希望上面描述的一个可行的达尔文核心档案模型能够被定义。如果不能，将探讨其他办法，并将改进该工作组的工作，并提出修正案供审查。

无论第一个任务的结果如何，洪堡核心原始出版物中提供的定义（Guralnick等人，2018，https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/ecog.02942)将使用达尔文核心模型进行形式化。在这项工作中，我们还将回顾已在生物集合本体论（BCO）中开发的库存概念的正式本体论定义，http://www.obofoundry.org/ontology/bco.html）.

扩展的开发将遵循TDWG词汇维护规范（VMS，https://github.com/tdwg/vocab/blob/master/vms/maintenance-specification.md）.如果指出了新标准，则开发将遵循TDWG标准文档标准（SDS，https://github.com/tdwg/vocab/blob/master/sds/documentationspecification.md)并会按《税务及税务工作小组附例》的规定接受覆核//www.nancyp.com/about/process/批准标准。

在整个过程中，我们将与达尔文核心维护兴趣集团密切合作，其中一些成员也是该任务组的成员，并有经验的发展和融入延伸。

我们还将聘请专家在必要时协助修订术语定义。

我们将与GBIF员工密切合作，协调更广泛的实施和使用洪堡核心。

所有开发都将在TDWG GitHub组织的Humboldt Core GitHub存储库中完成并跟踪进度。

成为参与

对这项工作感兴趣的个人应联系召集人，并通过洪堡核心GitHub存储库邀请他们观看并发表意见(https://github.com/tdwg/hc.）.

请加入邮寄名单以联络该小组(http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-hmboldt）.

历史/上下文

现有物种分布数据严重限制了对生物多样性变化的评估(Meyer et al. 2015, Proença, et al. 2016)。从告知物种发生的许多数据类型来看，偶然的点记录，比如那些来自博物馆标本或公民科学贡献的记录，最近出现了强劲的增长。达尔文核心数据标准(Wieczorek等人2012年)的开发促进了这一点，该标准允许集成和重用Occurrence数据(例如，Symbiota, Gries等人2014年和集成发布工具包，Robertson等人2014年)。由于其提供者和用户社区的复杂性和多面性，来自通常更为正式的监测工作的其他生物多样性数据类型迄今缺乏广泛适用的标准(Guralnick等人，2018年)。Humboldt Core旨在获取支持库存工作的流程的标准化信息(Guralnick等人，2018)。

资源

洪堡核心资源:

• 生命地图中的洪堡核心:https://mol.org/humboldtcore/
• Humboldt核心电流实现：https://github.com/MapofLife/humboldtcore
• 洪堡核心出版物：Guralnick R，Walls R，Jetz W(2018年）洪堡核心-实现生物多样性监测、建模和评估生物清单的标准化采集。生态地理学，41:713-725。https://doi.org/10.1111/ecog.02942

TDWG文档

• TDWG词汇维护规范（VM）：https://github.com/tdwg/vocab/blob/master/vms/maintenance-specification.md
• TDWG标准文档标准(SDS)https://github.com/tdwg/vocab/blob/master/sds/documentation-specification.md

其他资源和参考：

• 生物收集本体（BCO）：http://www.obofoundry.org/ontology/bco.html
• GBIF达尔文核心扩展模式:http://rs.gbif.org/schema/extension.xsd
• 格里斯C，吉尔伯特E，弗兰兹N(2014）Symbiota–一个创建基于凭证的生物多样性信息社区的虚拟平台。生物多样性数据期刊2:e1114。https://doi.org/10.3897/BDJ.2.e1114
• Meyer C, Kreft H, Guralnick R, et al.(2015)生物多样性分布有效信息基础的全球优先事项。Nat commen 6,8221。https://doi.org/10.1038/ncomms9221
• Proençav，martin lj，pereira hm，等。（2013）全球生物多样性监测：从数据来源到基本生物多样性变量。生物保证金213：256-263。https://doi.org/10.1016/j.biocon.2016.07.014. B部分。
• Robertson T，Döring M，Guralnick R，et al.（2014）《GBIF综合发布工具包：促进互联网上生物多样性数据的高效发布》。公共科学图书馆一号9（8）：e102623。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0102623
• Schmeller DS、Julliard R、Bellingham PJ等人（2015年）《全球陆地物种监测计划》。自然保护杂志25:51-57。https://doi.org/10.1016/j.jnc.2015.03.003
• Wieczorek J, Bloom D, Guralnick R, et al. (2012) Darwin Core:一个进化中的社区开发的生物多样性数据标准。公共科学图书馆综合7(1):e29715。https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029715